Tháng 1 năm 1997, Đội bóng đá Cao su Bình Long, Bình Phước, sau khi thi đấu thành công ở giải hạng Nhì mùa bóng 1996 với suất thăng hạng được chuyển giao từ Công ty Cao su Bình Long, Bình Phước về cho Sở Thể dục Thể thao Bình Dương quản lý. Đội bóng được đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá Bình Dương. Tuy nhiên, tại Giải bóng đá vô địch quốc gia Việt Nam 1998, đội sau khi gây ấn tượng ở lượt đi, do thiếu hụt lực lượng ở lượt về đã ảnh hưởng đến kết quả thi đấu của đội dẫn tới việc phải xuống hạng sau khi kết thúc mùa bóng.[2]
Năm 2002, Công ty Becamex, Đài truyền hình Bình Dương và Sở thể dục thể thao Bình Dương cùng hợp tác đầu tư thành lập công ty cổ phần bóng đá Bình Dương[3]. Đội chính thức mang tên Câu lạc bộ bóng đá Becamex Bình Dương, với nhà tài trợ chính là Công ty Becamex. Tại mùa bóng Giải vô địch hạng Nhất quốc gia 2003, Câu lạc bộ đạt hạng nhì chung cuộc, giành vé thăng hạng tham dự V-League, sau khi vượt qua đội Thanh Hóa.
